基於使用者受益付費原則，信保基金雖政府設立之機構，仍須酌收保證手續費，以符合公平合理原則。信保基金所收信用保證手續費，相對於所承擔之風險而言，費率非常低，保證手續費收入根本不足以支應所承擔信用保證風險之支出，不足之絕大部分均賴政府及金融機構捐助款補助。

企業透過信用保證取得金融機構融資，除了要繳付利息予金融機構外，仍須繳納保證手續費，各送保方式酌收保證手續費費率如下：
　(一)間接保證之年費率：原則為0.375%~1.375%(另有規定除外)。
　(二)批次保證之年費率為0.25%~1.25%(另有規定除外)。
　(三)直接保證之年費率為0.375%~3.375%。

(一)由授信單位辦理信用保證時，代信保基金向借款人計收保證手續費，但另有規定者從其規定。
(二)保證手續費依送保授信之保證金額，按年費率及移送保證期間，以「日」為單位計算（按年費率除以365日）。單筆授信之保證手續費未達新臺幣五百元者，應以新臺幣五百元計收。
(三)保證手續費以一次計收為原則，中、長期授信得逐年計收。保證手續費率於移送保證時即確定，嗣後逐筆動用、展延、分期償還、變更分期償還、逾期期間保證手續費之計收等均不再調整費率。

可以，說明如下：
(一) 信用保證案件提前通知信保基金解除保證責任者，授信單位或借款人得於原保證到期日後二個月內向信保基金提出退還剩餘保證手續費之申請，未於前述期限內辦理者，亦得敘明具體理由經信保基金同意後辦理。
(二)一筆授信若分次通知本基金提前解除保證責任，應於全案解除保證責任後，始得向信保基金提出退費申請。
(三)提前解除保證責任案件，保證手續費自解除日起核退。
(四)凡溢收、短收或因提前清償申請退還之各筆保證手續費，其金額在新臺幣五百元以內者，得不予退補。
(五)提前清償申請退還保證手續費者，信保基金每次酌收作業費二百五十元，數筆授信一次申請退還者，作業費以一次計收。